生物燃料的發(fā)展瓶頸盡管生物燃料已在世界各個(gè)領(lǐng)域得到應(yīng)用，但目前還沒有成為國際能源的主力軍。主要原因是以下限制。原材料來源不穩(wěn)定。由于多種原因，廚房廢油和木本油料作物作為原料來源不穩(wěn)定。

目前，生物燃料用于世界各地的航空試飛。大多數(shù)生物燃料是按一定比例添加到傳統(tǒng)航空燃料中的。雖然世界上大多數(shù)航空公司進(jìn)行的飛行試驗(yàn)結(jié)果表明，生物燃料和傳統(tǒng)燃料的混合可以在不改變飛機(jī)發(fā)動(dòng)機(jī)結(jié)構(gòu)的情況下提高飛行效率，生物燃料是否足夠安全，以及它們是否會(huì)腐蝕或侵入發(fā)動(dòng)機(jī)材料，但還需要進(jìn)一步的討論和驗(yàn)證。

目前，生物燃料大的問題是原材料的供應(yīng)。在今年全球糧食危機(jī)的背景下，廚房廢油和木本油料作物已成為重要的原材料來源。木本油料作物應(yīng)盡量不占用耕地和居民點(diǎn)用地，應(yīng)采用能適應(yīng)惡劣環(huán)境的作物為原料，如耐旱、耐鹽堿等環(huán)境的生物質(zhì)。完善廚余油回收系統(tǒng)，建立廚余垃圾收集、運(yùn)輸、管理一體化的運(yùn)營模式。

歐美國家對(duì)亞麻薺菜的種植和應(yīng)用進(jìn)行了探索。亞麻薺菜是一種古老的油料作物，生長周期短（4個(gè)月），產(chǎn)油率高（30%–45%），化肥、農(nóng)藥、除草劑等投入量低，從中提取油，殘?jiān)庸こ娠暳?。在副產(chǎn)品附加值的幫助下，生物燃料的高成本是不夠的，甚至整個(gè)產(chǎn)業(yè)鏈都扭虧為盈。

此外，可以制定政策，引導(dǎo)消費(fèi)者積極參與生物燃料的使用。歐盟航空公司開發(fā)了碳排放交易系統(tǒng)，并為航空公司規(guī)定了碳排放配額。在該系統(tǒng)中，以2004年至2006年往返歐盟的航空公司的年平均碳排放量作為該航空公司的排放基線。

生物燃料的佳解決方案即微藻，大小從幾微米到數(shù)百微米不等。它們可以地生產(chǎn)脂類、蛋白質(zhì)、多糖和其他有機(jī)物質(zhì)。它們對(duì)環(huán)境適應(yīng)性強(qiáng)，體積小，繁殖速度快。其中，油脂可以通過酯交換反應(yīng)轉(zhuǎn)化為生物柴油。