來(lái)源合法化是化石收藏不可逾越的紅線。根據(jù)中國(guó)現(xiàn)行法規(guī)，任何非法挖掘的化石都不應(yīng)成為收藏對(duì)象，購(gòu)買(mǎi)這類(lèi)化石不僅可能面臨經(jīng)濟(jì)損失，還可能承擔(dān)法律責(zé)任。負(fù)責(zé)任的收藏者應(yīng)當(dāng)建立嚴(yán)格的 provenance（來(lái)源鏈）檔案，包括挖掘許可證明、合法交易憑證和進(jìn)出口文件（如適用）等。對(duì)于年代久遠(yuǎn)、來(lái)源證明不全的藏品，可通過(guò)機(jī)構(gòu)鑒定并補(bǔ)辦相關(guān)手續(xù)，降低法律風(fēng)險(xiǎn)。特別需要注意的是，國(guó)家保護(hù)化石對(duì)收藏主體有嚴(yán)格限制，非國(guó)有單位和個(gè)人通常無(wú)法合法持有這類(lèi)標(biāo)本。

松柏和開(kāi)花植物的根、莖及枝干的化石可以在湖泊及海岸的中生代和新生代地層中被找到。加州紅木、木蘭、櫟樹(shù)和棕櫚樹(shù)等化石常被找到。 石化木普遍存在于世界的部份地區(qū)，且常在酸性及沙漠地區(qū)中所發(fā)現(xiàn)，因?yàn)槟切┑胤胶苋菀滓蚯治g作用而暴露。石化木通常都被嚴(yán)重地硅化（有機(jī)質(zhì)被二氧化硅取代），且生殖組織常會(huì)被保存在良好的狀態(tài)。此類(lèi)的樣本有些會(huì)使用寶石雕琢的裝置來(lái)切割及磨光。石化木的石化林已在每個(gè)大陸中被發(fā)現(xiàn)。

通常如肌肉或表皮等柔軟部分在保存前就已腐蝕殆盡，而只留下抵抗性較大的部分，如骨頭或外殼。它們接著就被周?chē)练e物的礦物質(zhì)所滲入取代。許多化石也被覆蓋其上的巖石重量壓平。