有機廢棄物，包含人畜糞便、餐余垃圾、污水處理廠的副產(chǎn)品污泥、瓜果蔬菜市場廢棄的爛瓜果爛菜葉等等，其年產(chǎn)量是同期工業(yè)固體廢棄物產(chǎn)量的10倍，量大且集中，如不及時處理將帶來嚴重的環(huán)境污染。對有機廢棄物進行堆肥化處理(好氧發(fā)酵)可以實現(xiàn)廢物的資源化利用，因此獲得了廣泛的應用，人們嘗試著開發(fā)了眾多的好氧發(fā)酵反應器，試圖提高好氧發(fā)酵的效率，降低發(fā)酵設備的制造成本和運行成本。

目前，國內現(xiàn)有的一些畜禽糞便發(fā)酵技術普遍存在著發(fā)酵，遠距離運輸，集中處理高成本的問題。同時因為發(fā)酵工藝落后，占地面積大，發(fā)酵過程中因發(fā)酵工藝落后造成地下水的污染和因發(fā)酵不全產(chǎn)生的氣味，使蚊蠅滋生對周圍環(huán)境產(chǎn)生嚴重影響。同時發(fā)酵生產(chǎn)受氣候影響嚴重，雨雪天無常工作，冬季因低溫導致設備無法處理糞便的現(xiàn)象。發(fā)酵時間普遍長達1-2個月，耗費工作人員數(shù)量多。

目前，化肥被大量施用以保持農(nóng)林業(yè)高產(chǎn)。但是，隨著化肥用量不斷增加，土壤開始板結，化肥淋入地下水也將造成水污染。近年來，我國提倡有機農(nóng)業(yè)，大量應用有機肥，達到保持作物產(chǎn)量的同時，保護土地和環(huán)境。畜禽糞便是有機肥重要來源，2016年我國僅養(yǎng)殖肉牛產(chǎn)生的牛糞就達到15萬噸以上，為我國有機肥生產(chǎn)提供了充足的原料。另外，我國小麥歷年種植面積為我耕種地總面積的22％～30％，產(chǎn)生大量小麥秸稈，秸稈為養(yǎng)殖業(yè)提供飼料，也為有機肥生產(chǎn)提供了豐富原料。但是，豐富的原料只是生產(chǎn)的基礎，重要的是對這些原料的加工利用。其中關鍵的是有機肥原料的發(fā)酵腐熟技術不斷發(fā)展與創(chuàng)新。

菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情況下，每畝土地使用菌肥的量為10-15公斤。
2. 施用時間：菌肥可與基肥一同施用，也可作為追肥使用。一般在種植前2-3周施用，或者在植物生長期間按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后輕輕耕入土中，也可與底肥或追肥混合使用。 需要注意的是，菌肥的保存要避免陽光直射和高溫環(huán)境，盡量保存在陰涼干燥處。
此外，在施用菌肥時，應避免與農(nóng)藥等化學物質混用，以免發(fā)生不良反應。

生物菌肥是一種由生物菌種（如細菌、真菌等）經(jīng)過發(fā)酵或培養(yǎng)后制得的肥料。它通常包含大量的活性微生物，這些微生物能夠分解有機物質，提供植物所需的營養(yǎng)元素，并促進植物生長。 生物菌肥具有以下特點：
1. 提供多種養(yǎng)分：生物菌肥中含有豐富的有機質和微量元素，這些養(yǎng)分對植物生長發(fā)育至關重要。
2. 促進土壤生物活性：生物菌肥中的活性微生物能夠分解有機物質，釋放出更多的養(yǎng)分，并促進土壤中其他微生物的繁殖和活動，改善土壤質地和結構。
3. 增強植物力：生物菌肥中的益生菌能夠與植物形成共生關系，提高植物的抗病能力，減少病蟲害的發(fā)生。
4. 環(huán)境友好：生物菌肥不含化學合成的肥料成分，對環(huán)境污染較小，使用后不會對土壤和水體造成負面影響。

微生物代謝物有直接殺菌的作用且進入土壤會在根際定殖，搶占生態(tài)位點讓線蟲及真無法侵染。有益微生物進入土壤會在根系周圍產(chǎn)生大量粘多糖與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機交替相結合，形成土壤團粒結構，提高土壤蓄肥、保水能。