文件與實際操作脫節(jié)
編寫了繁瑣的文件程序，但未征求一線員工意見，導致文件規(guī)定無法操作或比現(xiàn)有做法更落后。員工不愿執(zhí)行，文件被束之高閣?；蛘呶募虏患皶r，與實際流程不符，失去其指導和規(guī)范作用。

糾正措施與根本原因分析浮于表面
出現(xiàn)不合格或事件后，習慣于“就事論事”地處理（糾正），而不愿投入精力深入分析根本原因。常用的“5Why”分析流于形式，終將原因歸結為“員工操作失誤”、“培訓不到位”等表面原因，無法制定有效的糾正措施，導致問題重復發(fā)生。

文化沖突與變革阻力
建立體系是一場管理變革，會改變原有的工作習慣和利益格局。固有的“我們一直這么干”的文化和既得利益者會形成強大的阻力，消極應對甚至抵制新體系、新流程的實施，導致變革步履維艱。

追求短期認證而非長期改進
組織目標急功近利，一切圍繞快速拿證展開。咨詢機構為迎合客戶，幫助企業(yè)編造記錄應付審核。認證后體系工作戛然而止，未能將體系作為持續(xù)改進的工具，違背了標準的根本宗旨，無法為組織帶來長期效益。

設備設施硬件的先天不足
體系要求對基礎設施和工作環(huán)境進行控制。但一些老舊企業(yè)硬件基礎差，如廠房布局不合理、設備陳舊無安全防護、環(huán)保設施缺失或技術落后。改造需要投資，成為體系有效運行的硬約束和難點。

衡量體系實際價值的困難
管理層在投入資源后，期望看到明確的。但體系帶來的效益（如品牌提升、風險規(guī)避、效率改善、員工士氣）大多是間接和長期的，難以用直接的財務數(shù)據(jù)量化。這使得體系工作在效益不佳時容易被質(zhì)疑和邊緣化。