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殺菌效果是由微生物所接受的照射劑量決定的，同時，也受到紫外線的輸出能量，與燈的類型，光強和使用時間有關，隨著燈的老化，它將喪失30%-50%的強度。
大多數紫外線裝置利用傳統(tǒng)的低壓紫外燈技術，也有一些大型水廠采用低壓高強度紫外燈系統(tǒng)和中壓高強度紫外燈系統(tǒng)，由于產生高強度的紫外線可能使燈管數量減少90%以上，從而縮小了占地面積，節(jié)約了安裝和維修費用，并且使紫外線消毒法對水質較差的出水也適用。
細菌中的脫氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸（RNA）和核蛋白的吸收紫外線的強峰在254～257nm。細菌吸收紫外線后，引起DNA鏈斷裂，造成核酸和蛋白的交聯(lián)破裂，殺滅核酸的生物活性，致細菌死亡。
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