由于紫外線會殺死細胞，因此紫外線消毒時要注意不能直接照射到人的皮膚，尤其是人的眼睛，紫外線殺菌燈點亮時不要直視燈管，由于短波紫外線不透過普通玻璃，戴眼鏡可避免眼睛受傷害。
如果不小心眼受傷，一般情況也無關大礙，就象被太陽光灼傷一樣，嚴重的可滴眼藥水或人乳，幫助復原。在有人的場合，不要使用有臭氧燈管，臭氧濃度高時對人不利。
殺菌效率要求越高，所需的照射劑量越大。影響微生物接受到足夠紫外光照射劑量的主要因素是透光率（254nm處），當UVC輸出強度和照射時間一定時，透光率的變化將造成微生物實際接受劑量的變化。
