土壤中的微量元素95%以不溶態(tài)形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代謝產(chǎn)物中含有大量的有機酸類物質，這些物質能夠把微量元素如鈣、鎂、硫、銅、鋅、鐵、硼、鉬等植物必需的礦物元素溶解，變成可以被植物直接吸收利用的營養(yǎng)元素，大大增加了土壤的供肥能力。
有機肥還能增強土壤的保肥供肥與緩沖能力。有機肥料中含有許多有機酸、腐植質酸及其他羥基類物質，它們都具有很強的螯合能力，能與許多金屬元素螯合形成螯合物，可防止土壤對這些營養(yǎng)元素的固定而失效。例如，有機肥與磷肥摻合施用，有機肥中的有機酸等螯合物能將土壤中活性很強的鋁離子螯合，可防止鋁與磷結合形成作物很難吸收的閉蓄態(tài)磷，使土壤有效態(tài)磷含量大大提高。
堆肥則是利用作物秸稈、雜草、草皮、樹葉、垃圾等為主要原料堆制而成。其營養(yǎng)物質比較豐富，且肥效長而穩(wěn)定，同時有利于促進土壤團粒結構的形成，增加土壤保水、保溫、透氣、保肥的能力。堆肥在與化肥混合使用時，可有效彌補化肥所含養(yǎng)分單一、長期使用使土壤板結的缺陷。
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