由于總面積是一定的，而許多第三方物流企業(yè)在建造自動化立體倉庫時只重視辦公、實驗(包括研發(fā))的面積，卻忽視了庫房面積，因此造成了這種局面，即為了滿足庫容量的需要，只好通過向空間發(fā)展來達到要求。但是貨架越高，機械設(shè)備的采購成本和運行成本也就越高。除此之外，由于自動化立體倉庫內(nèi)優(yōu)的物流路線是直線形的，但在倉庫設(shè)計時往往會受到平面面積的限制，造成本身物流路線的迂回(往往是s形，甚至是網(wǎng)狀)，這會增加許多不必要的投入和麻煩。

不管自動化立體倉庫的自動化程度有多高，具體運作時仍需要一定的人工勞動，因此工作人員的數(shù)量要合適。人員不足會降低倉庫的效率，太多又會造成浪費。自動化立體倉庫采用了大量的設(shè)備，因此對人員的素質(zhì)要求比較高，人員素質(zhì)跟不上，同樣會降低倉庫的吞吐能力。第三方物流企業(yè)需要招聘的人才，并對其進行的培訓(xùn)。

提高空間利用率
早期立體倉庫的構(gòu)想，其基本出發(fā)點就是提高空間利用率，充分節(jié)約有限且寶貴的土地。在西方有些發(fā)達國家，提高空間利用率的觀點已有更廣泛深刻的含義，節(jié)約土地，已與節(jié)約能源、環(huán)境保護等更多的方面聯(lián)系起來。有些甚至把空間的利用率作為系統(tǒng)合理性和性考核的重要指標來對待。
立體庫的空間利用率與其規(guī)劃緊密相連。一般來說，自動化高架倉庫其空間利用率為普通平庫的2-5倍。這是相當可觀的。

隨著經(jīng)濟全球化步伐的加快，物流供應(yīng)鏈中蘊藏的潛力越來越引起人們的注意。而物流中心則是物流供應(yīng)鏈中重要的樞紐之一。它是接受并處理下游用戶的訂貨信息，對上游供應(yīng)方的大批量貨物進行集中儲存、加工等作業(yè)，并向下游進行批量轉(zhuǎn)運的設(shè)施和機構(gòu)。而實現(xiàn)這些功能的直接執(zhí)行機構(gòu)包括：
（1） 自動倉儲設(shè)備（自動化立體倉庫）
（2） 其它貨架（平面托盤貨架與流動貨架等）
（3） 各種輸送機（輥道輸送機、鏈條輸送機、皮帶輸送機、升降移載機、提升機等）
（4） 各種分揀設(shè)備
（5） 無人臺車（AGV、RGV、LGV）
（6） 其它各種輔助設(shè)備

節(jié)約倉庫占地面積，使倉庫的空間實現(xiàn)了充分的利用。由于自動化立體倉庫采用大型倉儲貨架的拼裝，又加上自動化管理技術(shù)使得貨物便于查找，因此建設(shè)自動化立體倉庫就比傳統(tǒng)倉庫的占地面積小，但是空間利用率大。在發(fā)達國家，提高空間的利用率已經(jīng)作為系統(tǒng)合理性和性的重要考核指標。在提倡節(jié)能環(huán)保的今天，自動化立體倉庫在節(jié)約占地資源上有著很好的效果，也是必將使未來倉儲發(fā)展的一大趨勢。
自動化管理提高了倉庫的管理水平。自動化立體倉庫采用計算機對貨品信息進行準確無誤的信息管理，減少了在存儲貨物中可能會出現(xiàn)的差錯，提高了工作效率。同時，立體自動化倉庫在入庫出庫的貨品運送中實現(xiàn)機動化，搬運工作安全可靠，減少了貨品的破損率，還能通過特殊設(shè)計使一些對環(huán)境有特殊要求的貨品能有很好的保存環(huán)境，比如有毒、易爆的貨品，也減少了人在搬運貨品時可能會受到的傷害。